生物信息學(xué)與生物計(jì)算：http://bioinformatics.weizmann.ac.il/

這是生物信息學(xué)和生物計(jì)算學(xué)的網(wǎng)站，由Weizmann科學(xué)研究所，生物服務(wù)部和Crown人類基因組學(xué)中心支持。研究領(lǐng)域主要涵蓋序列分析，蛋白質(zhì)組學(xué)和基因組學(xué)等。該網(wǎng)站提供了數(shù)據(jù)庫，電子論壇，教育，新聞，軟件，招聘啟事等。該網(wǎng)站還提供了相關(guān)鏈接，包括歐洲分子生物學(xué)以色列國家網(wǎng)點(diǎn)，以色列國家基因組基礎(chǔ)設(shè)施實(shí)驗(yàn)室以及國際生物信息學(xué)合作中心。

生物信息學(xué)專題：http://www.biosino.org/bioinformatics/bioinfo.htm

中國科學(xué)院上海生命科學(xué)研究院生物信息中心的網(wǎng)站中的生物信息學(xué)專題提供與生物信息學(xué)有關(guān)的新聞信息，生物信息學(xué)文獻(xiàn)的介紹（包括的課題例如：鑒別腫瘤的亞型，細(xì)菌中的基因轉(zhuǎn)移，生物鐘與微陣列--哺乳動(dòng)物的基因組有節(jié)奏，混亂的DNA區(qū)分人類與黑猩猩等等），相關(guān)軟件下載，與數(shù)據(jù)庫的鏈接。

生物信息學(xué)專業(yè)網(wǎng)：http://bioinf.bmi.ac.cn/

生物信息學(xué)專業(yè)網(wǎng)旨在收集、整理與生物信息學(xué)相關(guān)的信息和資源。它的站點(diǎn)提供最近新聞；與生物科學(xué)相關(guān)的論文；與生物信息學(xué)相關(guān)的數(shù)據(jù)庫，軟件，公司，大學(xué)和期刊；工具的介紹，例如：序列逆向查詢系統(tǒng)。

生物信息學(xué)組織：http://bioinformatics.org/

生物信息學(xué)組織是生物信息學(xué)學(xué)科的綜合性網(wǎng)站。其涉及的內(nèi)容有新聞、事件提醒、會(huì)議消息、免費(fèi)FTP工具下載、論文、URL推薦、演示幻燈片等。此外，其還擁有有關(guān)生物信息學(xué)研究組和軟件的搜索引擎。

香港生物信息學(xué)中心：http://www.hkbic.bch.cuhk.edu.hk/

這是香港生物信息學(xué)中心(HKBIC)的網(wǎng)站。香港生物信息學(xué)中心是由香港技術(shù)創(chuàng)新委員會(huì)和香港中文大學(xué)創(chuàng)辦，為香港生物技術(shù)與工業(yè)界提供中心數(shù)據(jù)資源。它為使用者提供計(jì)算設(shè)備，技術(shù)專家意見和分子生物學(xué)定向數(shù)據(jù)庫等。主要致力于核苷酸、醫(yī)學(xué)、藥物設(shè)計(jì)、毒理學(xué)、生物技術(shù)、化學(xué)工程、制藥技術(shù)等方面的研究。該網(wǎng)站還提供了研究、工具、新聞等方面的。

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耶魯大學(xué)蓋斯坦生物信息學(xué)實(shí)驗(yàn)室：http://bioinfo.mbb.yale.edu/

這是耶魯大學(xué)蓋斯坦生物信息學(xué)實(shí)驗(yàn)室的網(wǎng)站。耶魯大學(xué)蓋斯坦生物信息學(xué)實(shí)驗(yàn)室主要致力于生物信息學(xué)的研究，其研究領(lǐng)域包括基因組序列，大分子結(jié)構(gòu)和表達(dá)基因數(shù)據(jù)，比較基因組學(xué)，基因表達(dá)分析，大分子幾何學(xué)等。該網(wǎng)站還提供研究、工作、演講、論文等方面的信息。

用于比較基因組學(xué)的生物信息學(xué)工具：http://pga.lbl.gov/Workshop/webTools.html

用于比較基因組學(xué)的生物信息學(xué)工具是勞倫斯伯克利國家實(shí)驗(yàn)室提供的用于比較基因組學(xué)的生物信息學(xué)的軟件、數(shù)據(jù)庫和網(wǎng)址資源。其涵蓋五個(gè)大類分別是：基因組數(shù)據(jù)、注釋、比較基因組、陣列資源、雜集。并且，對每個(gè)類別其都有類型、名稱和描述、幫助及信息等方面的說明。

中國生物信息學(xué)資源導(dǎo)航：http://www.biosino.org/pages/source-bioinfo.htm

這是中國生物信息學(xué)資源導(dǎo)航的網(wǎng)站。該網(wǎng)站主要提供與生物信息學(xué)相關(guān)的學(xué)會(huì)、組織和生物計(jì)算中心的鏈接，也包含對網(wǎng)關(guān)及網(wǎng)絡(luò)資源的鏈接。

NCBI生物信息學(xué)研究工具：http://www.ncbi.nih.gov/Tools/

NCBI生物信息學(xué)研究工具網(wǎng)站由美國國家生物技術(shù)信息中心支持。該網(wǎng)站提供了許多程序的鏈接，內(nèi)容包括數(shù)據(jù)挖掘、核酸和蛋白質(zhì)組分析等。同時(shí)，網(wǎng)站還提供了許多相關(guān)鏈接和資源。

歐洲生物信息學(xué)研究所：http://www.ebi.ac.uk/

歐洲生物信息學(xué)研究所是一個(gè)非盈利學(xué)術(shù)機(jī)構(gòu)，是歐洲分子生物學(xué)實(shí)驗(yàn)室的一部分。它是生物信息學(xué)研究和服務(wù)的中心。它所管理生物數(shù)據(jù)的數(shù)據(jù)庫包括核酸，蛋白質(zhì)序列和大分子結(jié)構(gòu)。它的使命是保證從分子生物學(xué)和基因組研究的日益增長的信息向公眾公開，并且對科學(xué)研究團(tuán)體提供任何方面的免費(fèi)使用，以促進(jìn)科學(xué)發(fā)展。

歐洲生物信息學(xué)研究所Ensembl基因組瀏覽器：http://www.ebi.ac.uk/ensembl/index.html

歐洲生物信息學(xué)研究所Thornton研究組：http://www.ebi.ac.uk/Thornton/index.html

歐洲生物信息學(xué)研究所多序列聯(lián)配數(shù)據(jù)庫: http://www.ebi.ac.uk/embl/Submission/alignment.html

歐洲生物信息學(xué)研究所工具箱:http://www.ebi.ac.uk/Tools/

歐洲生物信息學(xué)研究所核酸數(shù)據(jù)庫:http://www.ebi.ac.uk/Databases/nucleotide.html

歐洲生物信息學(xué)研究所計(jì)算基因組研究組:http://www.ebi.ac.uk/research/CGG/index.html

歐洲生物信息學(xué)研究所完整基因組數(shù)據(jù)庫:http://www.ebi.ac.uk/genomes/

歐洲生物信息學(xué)研究所序列數(shù)據(jù)庫研究組:http://www.ebi.ac.uk/seqdb/index.html

Brutlag生物信息學(xué)研究組：http://motif.stanford.edu/

Brutlag生物信息學(xué)研究組是斯坦福大學(xué)的一個(gè)研究團(tuán)體，主要研究從蛋白質(zhì)一級結(jié)構(gòu)預(yù)測蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)和功能，其開發(fā)了EMOTIF、EMATRIX和3MOTIF軟件應(yīng)用于非鑒定的基因組序列的功能確定，另外還開發(fā)了LOCK和3DSEARCH軟件用于比較蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)和蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫的搜索。

生物GBF信息學(xué)小組主頁：http://transfac.gbf.de/

生物信息學(xué)小組主頁是德國生物技術(shù)研究中心的生物信息組的主頁。其提供的資源十分豐富，包括出版物、研究計(jì)劃、研究組介紹、五個(gè)重要數(shù)據(jù)庫、十二個(gè)工具軟件和資源鏈接等。

Pune大學(xué)生物信息學(xué)中心：http://bioinfo.ernet.in/

Pune大學(xué)生物信息學(xué)中心成立于1987年，是生物技術(shù)系統(tǒng)的九大中心之一。提供生物工程領(lǐng)域的信息,側(cè)重病毒學(xué),蛋白質(zhì)和核酸序列與結(jié)構(gòu)。其提供的資源豐富，包括數(shù)據(jù)庫、微生物菌株數(shù)據(jù)網(wǎng)絡(luò)系統(tǒng)、生物信息學(xué)中心圖書館、Alpha服務(wù)器的軟件包、生物信息學(xué)的有用網(wǎng)址、EBI和PDB的數(shù)據(jù)庫鏡像等。

北京大學(xué)生物信息學(xué)中心：http://www.cbi.pku.edu.cn/

北京大學(xué)生物信息中心（CBI）成立于1997年，是歐洲分子生物學(xué)網(wǎng)絡(luò)組織EMBnet的中國國家接點(diǎn)。幾年來，已經(jīng)與多個(gè)國家的生物信息中心建立了合作關(guān)系。目前是國內(nèi)數(shù)據(jù)庫種類最多，數(shù)據(jù)量最大的生物信息站點(diǎn)。在基因預(yù)測、基因組、蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)等領(lǐng)域都有相應(yīng)的研究項(xiàng)目。

加拿大生物信息學(xué)資源：http://cbr-rbc.nrc-cnrc.gc.ca/index_e.php

這是加拿大生物信息學(xué)資源(CBR)的網(wǎng)站。該網(wǎng)站由加拿大國家研究委員會(huì)(NRC)創(chuàng)建，旨在為國家研究委員會(huì)與其它政府、學(xué)術(shù)部門的科學(xué)家提供廣泛使用的生物信息學(xué)工具和共享數(shù)據(jù)。加拿大生物信息學(xué)資源部分由一個(gè)專門使用該資源的委員會(huì)管理，而且其資源在用于教育和非盈利研究時(shí)只需注冊均可免費(fèi)作用。網(wǎng)站還提供有關(guān)新聞、服務(wù)與下載等信息。

結(jié)構(gòu)生物信息學(xué)公司：http://www.strubix.com/

結(jié)構(gòu)生物信息學(xué)公司是世界上占領(lǐng)導(dǎo)地位的、蛋白質(zhì)組學(xué)推動(dòng)的藥物發(fā)現(xiàn)的公司，他們大規(guī)模地產(chǎn)生和使用蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)信息，以期加速發(fā)現(xiàn)和優(yōu)化過程。它提供的軟件主要針對加速藥物發(fā)現(xiàn)和優(yōu)化過程、提高篩選效率和降低成本、極大地重視知識產(chǎn)權(quán)的地位、提高藥物性能和增加技術(shù)和市場成功的可能性。此外，還提供三個(gè)藥物數(shù)據(jù)庫。

林奈斯生物信息學(xué)中心：http://www.lcb.uu.se/

這是林奈斯生物信息學(xué)中心(LCB)的網(wǎng)站。林奈斯生物信息學(xué)中心研究非常活躍，隸屬于瑞典Uppsala生物醫(yī)學(xué)中心。作為一個(gè)由Uppsala大學(xué)與瑞典農(nóng)業(yè)大學(xué)的聯(lián)合研究機(jī)構(gòu)，確保了高質(zhì)量的尖端的研究與教育，其研究范圍從微生物與哺乳動(dòng)物基因組學(xué)經(jīng)計(jì)算機(jī)的功能基因組學(xué)到分子進(jìn)化。網(wǎng)站還提供有關(guān)入學(xué)、新聞時(shí)事、研討會(huì)、工具、學(xué)生計(jì)劃等方面的信息。

曼徹斯特大學(xué)生物信息學(xué)教育與研究：http://www.bioinf.man.ac.uk/

曼徹斯特大學(xué)生物信息學(xué)教育與研究是歐洲分子生物網(wǎng)絡(luò)的節(jié)點(diǎn)之一，負(fù)責(zé)維護(hù)一些數(shù)據(jù)庫（如蛋白質(zhì)模體指紋數(shù)據(jù)庫，PRINTS）。站點(diǎn)提供蛋白質(zhì)同源性分析，蛋白質(zhì)模體指紋分析，系統(tǒng)發(fā)生和序列進(jìn)化分析，以及微陣列分析，并提供生物信息學(xué)和PRINTS數(shù)據(jù)庫數(shù)據(jù)下載。

《生物信息學(xué)》：http://www3.oup.co.uk/jnls/list/bioinformatics/etoc.html

生物信息學(xué)》是由英國牛津大學(xué)出版社出版。其主要刊登生物信息和計(jì)算生物學(xué)方面的研究論文、書評、綜述、讀者來信和述評等文章。其刊載的文章在兩年內(nèi)供給學(xué)術(shù)界免費(fèi)使用。

生物信息學(xué)：http://biotech.icmb.utexas.edu/pages/bioinfo.html

生物信息學(xué)是印第安納大學(xué)分子和細(xì)胞生物學(xué)研究所提供的生物信息學(xué)資源。此資源包括數(shù)據(jù)庫、基因發(fā)現(xiàn)程序、蛋白質(zhì)模建、生物信息學(xué)在線教程、研究基金的來源、研究項(xiàng)目和生物信息學(xué)工具軟件等。

生物信息學(xué)的網(wǎng)絡(luò)資源：http://www1.cs.columbia.edu/~cleslie/cs4761/resources.html

生物信息學(xué)的網(wǎng)絡(luò)資源是美國哥倫比亞大學(xué)的Bill Noble教授建立的有關(guān)生物信息學(xué)的網(wǎng)絡(luò)資源總集。其涉及面廣，包括基因組學(xué)和生物信息學(xué)中心、生物信息學(xué)工具和基因組計(jì)劃索引、DNA和蛋白質(zhì)分析工具、生物信息學(xué)課程主頁、生物信息學(xué)和生物技術(shù)的學(xué)術(shù)項(xiàng)目、生物信息學(xué)文獻(xiàn)參考，以及網(wǎng)上引物。

生物信息學(xué)趨勢導(dǎo)向：http://www.ped.med.utah.edu/genpedscrr/Trends.htm生物信息學(xué)趨勢導(dǎo)向主要提供《今天免疫學(xué)》雜志的增刊有關(guān)生物信息學(xué)的內(nèi)容。這些內(nèi)容包括的資源十分豐富，涉及文本格式數(shù)據(jù)庫，原理和實(shí)用數(shù)據(jù)庫搜索，計(jì)算生物學(xué)基因發(fā)現(xiàn)，多序列聯(lián)配和檢索，蛋白質(zhì)分類和功能歸屬，系統(tǒng)進(jìn)化分析和比較基因組學(xué)，功能基因組學(xué)等。

生物信息學(xué)網(wǎng)：http://starr2.myetang.com/

這是生物信息學(xué)的網(wǎng)站，主要是負(fù)責(zé)中國醫(yī)學(xué)科學(xué)院腫瘤醫(yī)院/腫瘤研究所生物信息學(xué)研發(fā)及服務(wù)工作。該網(wǎng)站提供生物統(tǒng)計(jì)分析以SAS和R為主，并且設(shè)有其他數(shù)十種生物信息學(xué)分析輔助軟件，如Blast,Phrap, Bioperl, EMBOSS, Hmmer, GO等等。另外也提供論壇，相關(guān)論文以及常用生物信息學(xué)網(wǎng)址等。

生物信息學(xué)小組：http://life.anu.edu.au/

生物信息學(xué)小組成立于1997年，主要從事分子生物信息學(xué)和生物多樣性信息學(xué)的研究。其提供豐富的軟件資源，可免費(fèi)下載使用。軟件種類涉及重組掃描、系統(tǒng)發(fā)生分析、聯(lián)配、重復(fù)片段的檢測和PCR引物設(shè)計(jì)等。此外，還有許多數(shù)據(jù)庫資源。

常見的全文數(shù)據(jù)庫及其鏈接

Blackwell Synergy

http://www.blackwell-science.com/products/journals/jnltitle.htm;

Sciencedirect

http://www.sciencedirect.com/;

EBSCO

http://www.ebsco.com/home/default.asp;

OVID

http://www.ovid.com/;

Proquest

http://www.proquest.com/;

IDEAL

http://www.idealibrary.com/servlet/useragent?func=showHome;

OCLC

http://www.oclc.com/home/;

Interscience

http://www3.interscience.wiley.com/;

Springer

http://www.springer.de/;

LWW

http://www.lwwonline.com/;

Karger

http://www.karger.com/;

Kluwer Academic Publishers

http://www.wkap.nl/;

Oxford University Press

http://www.oup.co.uk/;

Annual Reviews

http://www.annualreviews.org/;

國內(nèi)外專利數(shù)據(jù)庫網(wǎng)址

列出網(wǎng)上一些很有價(jià)值的專利資源網(wǎng)址，供大家參考。

中國專利檢索

http://www.sipo.gov.cn/sipo/zljs/default.htm

中國專利全文數(shù)據(jù)庫（1985年-今）提供者：中國國家知識產(chǎn)權(quán)局

中國專利信息檢索網(wǎng) （http://www.jiansuo.com/）

可免費(fèi)檢索1985年以來的中國專利，部分可獲得專利說明書全文。包括分類檢索與高級檢索兩種檢索方式。

分類檢索 給出國際專利分類表，可逐層顯示，點(diǎn)擊檢索，則鏈接到高級檢索界面。網(wǎng)址為：http://www.cpic.dhs.org/ipc/

中國專利信息網(wǎng)(http://www.patent.com.cn/)

該系統(tǒng)可以檢索中國專利，并提供文摘，還同時(shí)提供了與專利有關(guān)的多種信息，如專利轉(zhuǎn)讓、專利法規(guī)、專利代理機(jī)構(gòu)等。

中國專利文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫(http://home.exin.net/patent/)

該數(shù)據(jù)庫收錄了中國專利局自1985年以來公布的所有發(fā)明專利和實(shí)用新型專利，內(nèi)容有題錄、文摘、權(quán)利要求等。檢索途徑設(shè)有專利名稱、文摘、權(quán)利要求、申請人等共計(jì)27個(gè)字段。用戶可以根據(jù)需要選擇某一個(gè)字段，輸入關(guān)鍵詞進(jìn)行單項(xiàng)全文檢索；也可以選擇兩個(gè)以上字段進(jìn)行（AND）、或（OR）布爾檢索，但同一字段無法執(zhí)行布爾訪問。

中國知識產(chǎn)權(quán)網(wǎng) (http://www.cnipr.com/)

中國專利檢索，技術(shù)產(chǎn)品及商標(biāo)的展示，圖書的網(wǎng)上展銷，知識產(chǎn)權(quán)信息服務(wù)。

中國發(fā)明專利信息網(wǎng) （http://www.1st.com.cn/）

該站點(diǎn)與《發(fā)明與革新》雜志社結(jié)成合作伙伴，提供專利檢索、專利快訊、好書及相關(guān)網(wǎng)站推薦、免費(fèi)點(diǎn)子庫、網(wǎng)上求助等服務(wù)。

臺灣專利數(shù)據(jù)庫 (http://www.apipa.org.tw/)

由臺灣亞太智慧財(cái)產(chǎn)權(quán)基金會(huì)提供，使用臺灣BIG-5碼檢索和顯示。

國外專利檢索

http://www.uspto.gov/patft/;

美國專利全文數(shù)據(jù)庫（1790年-今）

提供者：United States patent and trademark office （美國專利商標(biāo)局）

http://ep.espacenet.com/;

世界知識產(chǎn)權(quán)組織專利數(shù)據(jù)庫（PCT）、歐洲專利數(shù)據(jù)庫、日本專利

提供者：The European Patent Office （歐洲專利局）

http://patents1.ic.gc.ca/intro-e.html;

加拿大專利全文數(shù)據(jù)庫（1920年-今）

提供者：The Canadian Intellectual Property Office （加拿大知識產(chǎn)權(quán)局）

Delphion Patent Server (http://www.delphion.com/)

注冊用戶通過Delphion 專利服務(wù)器可檢索世界各國專利，但非注冊用戶可以檢索到1974年以來的美國專利的文摘和全文的第一頁掃描圖像。

Delphion

世界各國專利，可看到前十三頁全文

Europe's Network of Patent Databases (歐洲專利)（http://gb.espacenet.com/）

該站點(diǎn)可以檢索到歐洲專利的文摘和全文的掃描圖像。并可檢索到世界知識產(chǎn)權(quán)組織(WIPO)的文摘和全文的第一頁掃描圖像。

歐洲及歐洲各國專利 (http://www.european-patent-office.org/espacenet/info/access.htm)

該網(wǎng)站由歐洲專利局提供，可用于檢索歐洲及歐洲各國的專利，包括歐洲專利（EP）、英國專利、德國專利、法國專利、澳地利專利、比利時(shí)專利、意大利專利、芬蘭、丹麥、西班牙、瑞典、瑞士等15個(gè)歐洲國家的專利。

PCT國際專利 （http://pctgazette.wipo.int/）

由世界知識產(chǎn)權(quán)組織（WIPO）提供，收錄了1997年1月1日至今的PCT國際專利，僅提供專利扉頁 題錄，文摘和圖形。

世界知識產(chǎn)權(quán)組織的IPDL （http://ipdl.wipo.int/）

由世界知識產(chǎn)權(quán)組織建立的知識產(chǎn)權(quán)電子圖書館，提供世界各國專利數(shù)據(jù)庫檢索服務(wù)，其中包括： PCT國際專利數(shù)據(jù)庫，中國專利英文數(shù)據(jù)庫，印度專利數(shù)據(jù)庫，美國專利數(shù)據(jù)庫，加拿大專利數(shù)據(jù)庫，歐洲專利數(shù)據(jù)庫，法國專利數(shù)據(jù)庫，JOPAL科技期刊數(shù)據(jù)庫，DOPALES專利數(shù)據(jù)庫，MADRID設(shè)計(jì)數(shù)據(jù)庫等。

Canadian Patent Database（http://patents1.ic.gc.ca/intro-e.html）

可以檢索1989年以后的加拿大專利，無文摘。

一．?dāng)?shù)據(jù)庫目錄

2000年，出版《核酸研究》的牛津大學(xué)出版社設(shè)立了一個(gè)數(shù)據(jù)庫目錄網(wǎng)頁，這個(gè)網(wǎng)頁把數(shù)據(jù)庫分成18類在郝柏林、張淑譽(yù)編著的《生物信息學(xué)手冊》中，他們進(jìn)行了合并，又把數(shù)據(jù)庫目錄、農(nóng)林牧有關(guān)數(shù)據(jù)庫、醫(yī)學(xué)數(shù)據(jù)庫和文獻(xiàn)單獨(dú)列出，分成以下16類：

1. 數(shù)據(jù)庫目錄

2. 綜合數(shù)據(jù)庫包括DNA序列陣：EMBL、GenBank、DDBJ、GSDB、TDB和UniGene

3. DNA序列數(shù)據(jù)庫主要是與基因結(jié)構(gòu)和認(rèn)定有關(guān)的數(shù)據(jù)庫，如密碼子使用頻度表、真核生物啟動(dòng)子庫、內(nèi)含子和外顯子庫等

4. RNA序列和核糖體數(shù)據(jù)庫

5. 基因圖譜數(shù)據(jù)庫

6. 人類基因組數(shù)據(jù)庫

7. 其他物種基因組數(shù)據(jù)庫

8. 基因表達(dá)數(shù)據(jù)庫

9. 基因突變、病理和免疫數(shù)據(jù)庫

10. 蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫

11. 蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫

12. 比較基因組學(xué)和蛋白質(zhì)組學(xué)數(shù)據(jù)庫

13. 代謝途徑和細(xì)胞調(diào)控?cái)?shù)據(jù)庫

14. 與農(nóng)林牧有關(guān)數(shù)據(jù)庫

15. 醫(yī)學(xué)數(shù)據(jù)庫

16. 其他數(shù)據(jù)庫

二．綜合數(shù)據(jù)庫

INSD,國際核酸序列數(shù)據(jù)庫（International Nucleotide Sequence Databank）由日本的DDBJ、歐洲的EMBL和美國的GenBank三家各自建立和共同維護(hù)

EMBL庫，歐洲分子生物學(xué)實(shí)驗(yàn)室的DNA和RNA 序列庫

http://www.ebi.ac.uk/embl.html

GenBank ，美國國家生物技術(shù)信息中心 （NCBI）所維護(hù)的供公眾自由讀取的、帶注釋的DNA序列的總數(shù)據(jù)庫

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Web/Genbank/

DNA Databank of Japan (DDBJ) ，日本核酸數(shù)據(jù)庫

http://www.ddbj.nig.ac.jp/

GSDB是由美國國家基因組資源中心（NCGR）維護(hù)的DNA序列關(guān)系數(shù)據(jù)庫（Genome Sequence DataBase）

http://www.ncgr.org/gsdb/

TIGR DATAbase,是世界上最大的cDNA數(shù)據(jù)庫，還有大量的EST序列和人類基因索引（HGI）

http://www.tigr.org/tdb/hcd/overview.html

三．DNA序列和結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫

包括與DNA的復(fù)制、轉(zhuǎn)錄、修復(fù)等有密切關(guān)系的蛋白質(zhì)因子

BioSino是中國自主開發(fā)的核酸序列公共數(shù)據(jù)庫

http://www.biosino.org/

CUTG,密碼子使用頻度表

http://www.dna.affrc.go.jp/~nakamura/CUTG.html

http://www.kazusa.or.jp/codon/

http://www.dna.affrc.go.jp/~nakamura/CUTG.html

EPD,真核生物啟動(dòng)子數(shù)據(jù)庫（Eukaryotic Promotor Database）

http://www.epd.isb-sib.ch/

TRANSFAC,真核生物基因表達(dá)調(diào)控因子的數(shù)據(jù)庫

http://transfac.gbf.de/TRANSFAC

TRRD.真核生物基因組轉(zhuǎn)錄調(diào)控區(qū)數(shù)據(jù)庫

http://www.mgs.bionet.nsc.ru/mgs/dbases/trrd4/

OOTFD,轉(zhuǎn)錄因子和基因表達(dá)數(shù)據(jù)庫

http://www.ifti.org/

RepBase,真核生物DNA中重復(fù)序列數(shù)據(jù)庫

http://www.girinst.org/~server/repbase.html

MicroSatellite,微衛(wèi)星重復(fù)序列數(shù)據(jù)庫

http://nmnhgoph.si.edu/gopher-menus/MicroSatelliteDatabase.html

ALU數(shù)據(jù)庫是人及其他靈長類代表性的Alu重復(fù)片段

http://ncbi.nlm.nih.gov(/pub/jmc/alu/)

Simple Repeats,簡單重復(fù)序列庫

http://ncbi.nlm.nih.gov/

COMPEL,復(fù)合元件數(shù)據(jù)庫

ftp://ftp.gbf-braunschweig.de(/pub/compel/)

MPDB,分子探針數(shù)據(jù)庫

http://www.biotech.ist.unige.it/interlab/mpdb.html

HvrBase,靈長類mtDNA調(diào)控區(qū)序列庫，主要是人的HVI和HVII兩個(gè)高變異區(qū)的序列http://monolith.eva.mpg.de/hvrbase/

PlantCARE,植物順式作用(cis-acting)調(diào)控因子數(shù)據(jù)庫.

http://sphinx.rug.ac.be:8080/PlantCare/

PLACE是從文獻(xiàn)中搜集的植物順式作用調(diào)控元件DNA模體的數(shù)據(jù)庫,只涉及維管植物.

http://www.dna.affrc.go.jp/htdocs/PLACE/

ftp://ftp.dna.affrc.go.jp(/pub/dna_place/place.seq)

Mendel數(shù)據(jù)庫,搜集植物STS和EST序列.

http://jiio6.jic.bbsrc.ac.uk/

HOX Pro同源異型盒(homeobox)基因數(shù)據(jù)庫.

http://spirov.iephb.nw.ru/hox_pro/hox-pro00.html

OPD,寡核苷酸探針數(shù)據(jù)庫(Oligonucleotide Probe Database).

http://www.cme.msu.edu/OPD/

dbSTS,序列標(biāo)記位點(diǎn)(Sequence Tagged Sites)數(shù)據(jù)庫.

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/dbSTS/

ftp://ncbi.nlm.nih.gov(/repository/dbSTS)

dbEST.這是GenBank的重要組成部分,它包含若干物種的已表達(dá)的序列標(biāo)記信息.

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/dbEST/

ftp://ncbi.nlm.nih.gov(/repository/dbEST)

AmmtDB,后生動(dòng)物線粒體DNA多序列聯(lián)配數(shù)據(jù)庫,搜集了脊椎動(dòng)物線粒體中編碼蛋白質(zhì)和tRNA的多DNA序列對比數(shù)據(jù),以及哺乳動(dòng)物mtDNA主調(diào)控區(qū)序列聯(lián)配數(shù)據(jù).

http://bio-www.ba.cnr.it:8000/BioWWW/#AMMTDB

HOVERGEN,脊椎動(dòng)物同源基因數(shù)據(jù)庫(HOmologous VERtebrate GENes)

http://acnuc.univ-lyon1.fr/

ftp://ftp.infobiogen.fr(/pub/db/acnuc/hovergen)

DNA結(jié)構(gòu)參數(shù)庫.

ftp://transfac.gbf.de(/pub/structure_library)

NUCLEOSOME數(shù)據(jù)庫,收集實(shí)驗(yàn)測定的核小體數(shù)據(jù),用于預(yù)測DNA中與組蛋白八聚體結(jié)合的位點(diǎn).

ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/nucleosomal_dna/

SELEX_DB,隨機(jī)化序列庫.

http://www.mgs.bionet.nsu.ru/mgs/systems/selex/

ASDB,交替剪接基因的數(shù)據(jù)庫.

http://hattrick.lbl.gov:8888/

Intronerator,秀麗線蟲內(nèi)含子和交替剪接數(shù)據(jù)庫http://www.cse.ucse.edu/~kent/intronerator/

IDB和IEDB前者是內(nèi)含子序列數(shù)據(jù)庫，后者是內(nèi)含子演化數(shù)據(jù)庫http://numeg.bio.indiana.edu/intron/index.html

EID,外顯子、內(nèi)含子數(shù)據(jù)庫

http://mcb.havard.edu/gilbert/EID/

ExInt,外顯子、內(nèi)含子數(shù)據(jù)庫

http://intron.bic.nus.edu.sg/rint/exint.html

NDB,核酸晶體結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫

ftp://ndbserver.rutgers.edu/

http://dnbserver.rutgers.edu/NDB/ndb.html

VectorDB,載體數(shù)據(jù)庫

http://vectordb.atcg.com/

Vector和Vector-ig,包分子生物學(xué)常用的許多載體的注釋和序列信息ftp://ncbi.nlm.nig.gov(/repository/vetcor-ig)

ftp://ncbi.nlm.nig.gov(/repository/vector)

四．RNA序列和核糖體數(shù)據(jù)庫

1993年成立的RNA學(xué)會(huì)，在出版RNA刊物同時(shí)，還維護(hù)著兩個(gè)信息網(wǎng)頁：

http://www.pitt.edu/~rna1/

http://www.cup.org/Journals/JNLSCAT/rRNA/rna.html

snoRNA,小核仁RNA數(shù)據(jù)庫

http://www.bio.umass.edu/biochem... noRNA-DataBase.html

Small RNA數(shù)據(jù)庫

http://mbcr.bcm.tmc.edu/smallRNA/smallrna.html

RNAse P數(shù)據(jù)庫，包含RNA水解酶P的RNA亞基序列、聯(lián)配、二級結(jié)構(gòu)和三維模型http://jwbrown.mbio.ncsu.edu/RNAseP/home.html

tmRNA網(wǎng)點(diǎn)包含 tmRNA序列、公認(rèn)蛋白質(zhì)水解標(biāo)記、序列聯(lián)配、確定新tmRNA的導(dǎo)引，以及簡要綜述等

http://www.indiana.edu/~tmrna/

tmRDB.已經(jīng)聯(lián)配好的、加有注釋的、按親緣關(guān)系排列的tmRNA序列數(shù)據(jù)

http://psyche.uthct.edu/dbs/tmRDB/tmRDB.html

gRNA,導(dǎo)引RNA數(shù)據(jù)庫

http://www.biochem.mpg.de/~goeringe/

SRPDB,信號識別粒子數(shù)據(jù)庫

http://psyche.uthct.edu/dbs/SRPDB/SRPDB.html

TransTerm,信使RNA的組分和翻譯控制信號數(shù)據(jù)庫http://biochem.otago.ac.nz/Transterm/

類病毒和類病毒樣RNA數(shù)據(jù)庫

http://www.callisto.si.usherb.ca/~jpperra/

UTRdb和UTRsiteUTRdb是真核生物mRNA的5’端和3’端非翻譯區(qū)序列的非冗余數(shù)據(jù)庫，UTRsite搜集這些非翻譯區(qū)序列中的功能片段

http://bigarea.area.ba.cnr.it:8000/EmbIT/UTRHome/

ncRNA,似mRNA的非編碼RNA數(shù)據(jù)庫

http://www.man.poznan.pl/5Sdata/ncRNA/index.html

RNAmods,RNA修飾數(shù)據(jù)庫

http://www-medlib.med.utah.edu/RNAmods/RNAmods.html

ftp://medlib.med.utah.edu(/library/RNAmods)

AARSDB,酰氨基tRNA合成酶數(shù)據(jù)庫

http://rose.man.poznan.pl/aars/index.html

tRNA序列和基因、結(jié)構(gòu)與功能數(shù)據(jù)庫

http://www.uni-bayreuth.de/departments/biochemie/trna/

PLMItRNA基于FastA的綠色植物線粒體tRNA分子和tRNA基因的數(shù)據(jù)庫

http://bio-www.ba.cnr.it:8000/srs6/

http://www.ebi.ac.uk/services/

16SMDB、16S-likeMDB 、16SMDBexp 、23SMDB、 23S-likeMDBexp數(shù)據(jù)庫，是一批16S和23S核糖體RNA突變數(shù)據(jù)庫

http://www.fandm.edu/departments/biology/databasee/rna.html

ftp://acad.fandm.edu(/nar/)

RNA www,RNA二級結(jié)構(gòu)網(wǎng)頁，也有16S RNA和23S RNA的數(shù)據(jù)

http://pundit.colorado.edu:8080/RNA/

uRNADB,已經(jīng)聯(lián)配好的、加有注釋的、按親緣關(guān)系排列的uRNA序列數(shù)據(jù)

http://psyche.uthct.edu/dbs/uRNADB/uRNADB.html

U-insertion/deletion,編輯序列數(shù)據(jù)庫，包含5個(gè)無脊椎動(dòng)質(zhì)體目物種的線粒體基因和編輯后的mRNA序列

http://www.lifesci.ucla.edu/RNA/trypanosome/database.html

PseudoBase,假扭結(jié)數(shù)據(jù)庫

http://www.bio.leidenuniv.nl/~Batenburg/PKB.html

RDP,核糖體數(shù)據(jù)庫計(jì)劃包含小亞基和大亞基的兩部分rRNA,由已聯(lián)配的RNA序列以及親緣樹組成

http://www.cme.smu.edu/RDP/

http://rdpwww.life.uiuc.edu/

http://rdp.life.uiuc.edu(/pub/)

SSU rRNA歐洲核糖體小亞基RNA結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫

http://rrna.uia.ac.be/ssu/

LSU rRNA歐洲核糖體大亞基RNA結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫

http://rrna.uia.ac.be/lsu/

5S rRNA數(shù)據(jù)庫

http://rose.man.poznan.pl/5Sdata/index.html

DRC,核糖體交鏈數(shù)據(jù)庫

http://www.mpimg-berlin-dahlem.mpg.de/~ag_ribo/ag_brimacombe/drc/

ACTIVITY,DNA和RNA中功能位點(diǎn)數(shù)據(jù)庫

http://www.mgs.bionet.nsu.ru/systems/Activity/

RNA非正則配對數(shù)據(jù)庫

http://prion.bchs.uh.edu/bp_type/

五．基因圖譜數(shù)據(jù)庫

Rhdb,輻射雜交數(shù)據(jù)庫

http://www.ebi.ac.uk/RHdb

http://corbra.ebi.ac.uk/Rhdb/species/HUMAN/gm99.html

ftp://ftp.ebi.ac.uk(/pub/databases/RHdb)

Mouse RH數(shù)據(jù)庫

http://www-genome.wi.mit.edu/mouse_rh/

GDB,人類基因組數(shù)據(jù)庫

http://www.gdb.org/

ftp://ftp.gdb.org/

GeneMap’99,人類基因圖譜1999年版

http://www.ncbi.nih.gov/genemap/

HuGeMap,人類基因遺傳圖譜和物理圖譜的分布式集成數(shù)據(jù)庫

ftp://ftp.ebi.ac.uk(/pub/databases/RHdb/gm99.map)

六．人類基因組有關(guān)數(shù)據(jù)庫

人類染色體數(shù)據(jù)網(wǎng)址：

http://linkage.rockefeller/chr1/

http://www.sanger.ac.uk/HGP/chr1

http://www.sanger.ac.uk/HGP/chr2

http://mars.uthscsa.edu/

http://www.genomics.org.cn/

http://www.sanger.ac.uk/HGP/chr4

http://www.jgi.doe.gov/

http://www.sanger.ac.uk/HGP/chr6

http://www.genet.sickkids.on..ca/chrdb

http://www.gc.bcm.tmc.edu:8080/chr8/home.html

http://www.gene.ucl.ac.uk/chr9

http://www.sanger.ac.uk/HGP/chr9

http://www.cric.com/htdocs/chr10-mapping/

http://www.sanger.ac.uk/HGP/chr10/

http://chr11.bc.ic.ac.uk/

http://mcdermott.swmed.edu/datapage/

http://shows.med.buffalo.edu/database.html

http://paella.med.yale.edu/chr12/home.html

http://genome.ccc.columbia.edu/~genome/

http://www.sanger.ac.uk/HGP/chr13/

http://www.sanger.ac.uk/HGP/chr15/

http://www.sanger.ac.uk/HGP/chr15/

http://www.jgi.doe.gov/

http://www.tigr.org/tdb/humgen/c16.html

http://bioinformatics.weizmann.ac.il/

http://www.sanger.ac.uk/HGP/chr18/

http://www.jgi.doe.gov/

http://www-bio.llnl.gov/bbrp/genome/genome.html

http://www.expasy.ch/cgi-bin/lists?humchr20.txt

http://www.sanger.ac.uk/HGP/chr20/

http://www.expasy.ch/cgi-bin/lists?humchr21.txt

http://www-eri.uchsc.edu/chr21/welcome.html

http://www.cephb.fr/chromosome21.html

http://www.cbil.upenn.edu/HGC22.html

http://www.expasy.ch/cgi-bin/lists?humchr22.txt

http://www.sanger.ac.uk/hum22/HGP/chr22/

http://www.genome.ou.edu/gifs/

http://www.expasy.vh/cgi-bin/lists?humchrx..txt

http://gc.bcm.tmc.edu:8080/chrX/home.html

http://www.sanger.ac.uk/HGP/chrX/

http://www.expasy.ch/cgi-bin/lists?humchry.txt

http://www.infinity.gen.emory.edu/mitomap.html

1．人類基因組測序中心

HUGO是人類基因組組織的縮寫

http://hugo.gdb.org/

HUGO Pacific GENOME Newsletter 是HUGO在太平洋部分，其中反映中國情況的短文在：

http://hugo-pacific.genome.ac.jp/3_2contents/china.html

美國能源部支持的人類基因組計(jì)劃

http://www.er.doe.gov/production/ober/hug_top.html

美國國家衛(wèi)生署對人類基因組計(jì)劃的支持，通過NHGRI即國家人類基因組研究所（National Human Genome Research Institute）體現(xiàn)

http://www.nhgri.nih.gov/

英國Wellcome Trust是人類基因組計(jì)劃的另一個(gè)主要資助者

http://www.wellcome.ac.uk/

百慕大原則：測序的中間和最終結(jié)果都必須迅速的公開

http://www.gene.ucl.ac.uk/hugo/bermuda.html

世界上主要人類基因組測序中心的名單

http://www-hgc.lbl.gov/inf/Hgcenters.html

http://www.ornl.gov/hgmis/centers.html

NCBI的GenBank數(shù)據(jù)庫從1999年10月起，建立了智人基因組子目錄，其下按染色體編號設(shè)子目錄

http://ncbi.nlm.nih.gov/genbank/genomes/H_sapiens/

英國的Sanger中心的人類基因組計(jì)劃網(wǎng)頁，不僅有它們負(fù)責(zé)測序的染色體數(shù)據(jù)，還有到其他染色體數(shù)據(jù)的鏈接

http://www.sanger.ac.uk/HGP/

日本的DDBJ和信息生物學(xué)中心（CIB）聯(lián)合建立了一個(gè)Human Genomics Studio，可以按染色體編號檢索和查找基因序列

http://studio.nig.ac.jp/

Sanger 中心是世界上最大的DAN測序中心之一承擔(dān)人類基因組計(jì)劃的三分之一，集中在1、6、9、10、13、20、22和X

http://www.sanger.ac.uk/HGP/stats.html

LBNL，Lawrence Berkeley 國家實(shí)驗(yàn)室

http://www-hgc.lbl.gov/GenomeHome.html

LLNL，Lawrence Livermore 國家實(shí)驗(yàn)室

http://www-bio.llnl.gov/bbrp/genome/genome.html

LANL，美國洛斯阿拉莫斯國家實(shí)驗(yàn)室

http://www-ls.lanl.gov/index.html

JGI，由美國能源部支持的，依托LBNL、LLNL和LANL三個(gè)國家實(shí)驗(yàn)室的人類基因組研究部門建的聯(lián)合基因組研究所（Joint Genome Institute）

http://jgi.doe.gov/

UWGC，華盛頓大學(xué)基因中心，是國際上最活躍的測序中心之一

http://www.genome.washington.edu/

ftp://ftp.genome.washington.edu/

SHGC，斯坦福大學(xué)人類基因中心，主要做高分辨率輻射雜交圖譜，以及人類第四號染色體BAC克隆的測序

http://www-shgc.stanford.edu/

美國哥倫比亞大學(xué)基因中心，主要研究和人類疾病有關(guān)的基因和第13號染色體圖譜

http://genome1.ccc.columbia.edu/~genome/

http://genome3.cpmc/columbia.edu/~legion/

GENETHON，法國人類基因組研究中心

http://www.genethon.fr/genethon_en.html

2．人類基因組有關(guān)數(shù)據(jù)

GenBank、 EMBL 、GSDB 、GDB等綜合數(shù)據(jù)庫的主要內(nèi)容都來自人

UniGene,人類基因序列集合，搜集了GenBank中不同基因產(chǎn)物的序列

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/UniGene/

HIB數(shù)據(jù)庫，是德國人類基因組計(jì)劃中基因分析項(xiàng)目所建立的自動(dòng)注釋的基因集團(tuán)數(shù)據(jù)庫

http://www.mips.biochem.mpg.de/proj/human/

dbSNP,設(shè)在美國國家生物技術(shù)信息中心NCBI的單核苷酸多態(tài)性數(shù)據(jù)庫，收錄單核苷酸置換，以及短的刪除和插入所導(dǎo)致的多態(tài)性

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/

Whitehead的生物醫(yī)學(xué)研究所的人類單核苷酸多態(tài)性（SNP）數(shù)據(jù)庫

http://www-genome.wi.mit.edu/SNP/human

HGBASE是人類雙等位基因序列（Human Genic Bi-Allelic Sequences）的縮寫，這是人類基因從啟動(dòng)子到轉(zhuǎn)錄終點(diǎn)，即基因及其前后所發(fā)現(xiàn)的所有單核苷酸多態(tài)性和其他變化的數(shù)據(jù)庫

http://hgbase.interactiva.de/

http://hgbase.cgr.ki.se/

位于St.Louis的華盛頓大學(xué)的SNP數(shù)據(jù)庫

http://www.ibc.wustl.edu/SNP/

I.M.A.G.E協(xié)作組，他們共享高質(zhì)量的cDNA克隆庫，并把有關(guān)序列、圖譜和表達(dá)數(shù)據(jù)公開

http://www-bio.llnl.gov/bbrp/image/image/html

美國菌種保藏中心（American Type Culture Collection）

http://www.atcc.org/

GenMapDB,V.Cheung實(shí)驗(yàn)室維護(hù)的一個(gè)BAC圖譜數(shù)據(jù)庫

http://w95vcl.neuro.chop.edu/vcheung/

BAC Ends,人類BAC末端數(shù)據(jù)庫

http://www.tigr.org/tdb/humgen/bac_end_search/

HUGE,人類未經(jīng)實(shí)驗(yàn)證實(shí)的編碼基因的數(shù)據(jù)庫

http://dazusa.or.jp/huge/

IXDB,集成的人類X染色體物理圖譜數(shù)據(jù)庫

http://ixdb.mpimp-berlin-dahlem.mpg.de/

Genotype,法國人類多態(tài)性研究中心的基因型數(shù)據(jù)庫

http://www.cephb.fr/cephdb/

VIRGIL,專門為GDB中的人類基因和GenBank中的DNA序列提供對應(yīng)鏈接關(guān)系的數(shù)據(jù)庫

http://www.infobiogen.fr/services/birgil/Hpvirgil.html

ftp://ftp.infobiogen.fr(/pub/db/viogil/virgil.ffl)

KinMutBase,人類致病蛋白質(zhì)激酶突變數(shù)據(jù)庫

http://www.uta.fi/imt/bioinfo/KinMutBase/

CpGIsle,人類基因中CpG島數(shù)據(jù)庫

ftp://bioslave.uio.no(/cpgisle)

ftp://ftp.infobiogen.fr(/pub/db/cpgisle/)

ftp://ftp.ebi.ac.uk(/pub/databases/cpgisle)

p53數(shù)據(jù)庫研究人類腫瘤及腫瘤細(xì)胞系p53基因突變的數(shù)據(jù)庫，包括：p53庫、體細(xì)胞突變庫、種系突變庫和細(xì)胞系突變庫

http://perso.curie.fr/tsoussi/

IARC p53數(shù)據(jù)庫法國國際癌癥研究會(huì)的腫瘤和細(xì)胞系P53基因突變數(shù)據(jù)庫

http://www.iarc.fr/p53/homepage.html

http://www.ebi.ac.uk/

p53數(shù)據(jù)庫具有癌癥傾向家族P53種系突變數(shù)據(jù)庫

http://www.lf2.cuni.cz/projicts/germline_mu_p53.html

ftp://ftp.lf2.cuni.cz(/pub/doc/medical/)

人類P53基因突變及軟件

http://metalab.unc.edu/dnam/des_p53.html

人類hprt即次嘌呤磷酸核糖基轉(zhuǎn)移酶基因突變數(shù)據(jù)庫和在PC視窗下運(yùn)行的分析軟件

http://metalab.unc.edu/dnam/des_hprt.html

轉(zhuǎn)基因嚙齒動(dòng)物L(fēng)acI數(shù)據(jù)庫

http://metalab.unc.edu/dnam/des_laci.html

轉(zhuǎn)基因嚙齒動(dòng)物L(fēng)acZ突變庫基因突變數(shù)據(jù)庫及分析軟件

http://matalab.unc.edu/dnam/des_lacz.html

WRN基因突變與遺傳病Werner綜合征有關(guān)

http://www.pathology.washington.edu/werner/ws-wrn.html

OMIM,在線人類孟德爾遺傳數(shù)據(jù)庫

http://www3.ncbi.nlm.nih.gov/omim/

STACK,南非國家信息中心SANBI維護(hù)的一個(gè)序列標(biāo)記聯(lián)配和代表序列知識庫

http://www.sanbi.ac.za/Dbases.html

SANIGENE是與STACK密切相關(guān)的一個(gè)數(shù)據(jù)庫它包含所有經(jīng)過計(jì)算機(jī)處理聯(lián)配過的人類基因EST的集團(tuán)

http://www.sanbi.ac.za/Dbases.html

七．其他物種基因組數(shù)據(jù)庫

DOGS，基因組尺寸數(shù)據(jù)庫

http://www.cbs.dtu.dk/

GenBank的/genomes/子目錄：

ftp://ftp.cbi.pku.edu.cn(/pub/databases/genband/genomes/)

EuGenes,真核生物基因綜合知識庫，目前包括果蠅、人、小鼠、擬南芥、線蟲、酵母、和斑馬魚的數(shù)據(jù)

http://iubio.bio.indiana.edu/eugenes

1.原核生物基因組

細(xì)菌基因組計(jì)劃的進(jìn)展情況，可從以下網(wǎng)站查詢：

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/PMGifs/Genomes/bact.html

MOT ，歐洲生物信息研究所EBI的基因組測序進(jìn)展表

http://www.ebi.ac.uk/~sterk/genome-MOT/

GIB，日本DDBJ設(shè)立的Genome Information Broker for microbial genomes 的縮寫

http://mol.genes.nig.ac.jp/gib/

MAGPIE測序計(jì)劃清單也可以參考

http://www-fp.mcs.anl.gov/~gaasterland/genomes.html

EMGLib,增補(bǔ)微生物基因組庫

http://pbil.univ-lyon1.fr/emglib/emglib.html

大腸桿菌K12菌株的完全基因組序列，可由GenBank的子目錄/genomes/獲取，或從華盛頓大學(xué)大腸桿菌基因組中心，即Blattner實(shí)驗(yàn)室的網(wǎng)頁讀取：

http://www.genetics.wisc.edu/pub/sequence/

ECDC,大腸桿菌菌株K12的基因序列庫，包括基因、讀框、調(diào)控區(qū)、啟動(dòng)子、終止子、tRNA和rRNA等

http://susi.bio.uni-giessen.de/ecdc/ecdc.html

ftp://ftp.ebi.ac.uk)/pub/databases/ecdc)

EcoGene和EcoWeb,大腸桿菌K12菌株基因組數(shù)據(jù)庫，包括基因、蛋白質(zhì)、基因間蛋白質(zhì)組信息

http://bmb.med.miami.edu/EcoGene/EcoWeb/

RegulonDB,大腸桿菌轉(zhuǎn)錄調(diào)控和操作子數(shù)據(jù)庫

http://www.cifn.unam.mx/Computational_Biology/regulondb/

NRSub,非冗余枯草芽孢桿菌DNA數(shù)據(jù)庫，包括完全基因組、密碼子使用表、基因圖譜和基因家族

http://acnuc.univ-lyon1.fr/nrsub/nrsub.html

ftp://ftplnig.ac.jp(/pub/db/nrsub)

HIDB,流感嗜血菌完全基因組的原始數(shù)據(jù)庫

http://www.tigr.org/tdb/mdb/hidb/hidb.html

ftp://ftp.tigr.org/pub/data/h_influenzae

HIDC,流感署血菌基因序列庫

http://susi.bio.uni-giessen.de/ecdc/hidc.html

CyanoBase,藍(lán)細(xì)菌數(shù)據(jù)庫，實(shí)際上是集胞藍(lán)細(xì)菌的基因組數(shù)據(jù)庫藍(lán)細(xì)菌具有氧化和光合作用所需的全套基因

http://www.kazusa.or.jp/cyano/cyano.html

MJDB,詹氏甲烷球菌基因組數(shù)據(jù)庫

ftp://ftp.tigr.org(/pub/data/m_jannaschii)

http://www.tigr.org/tdb/mdb/mjdb/mjdb.html

MycDB,分枝桿菌數(shù)據(jù)庫

http://www.biochem.kth.se/MycDB.html

RsGDB,類球紅細(xì)菌基因組數(shù)據(jù)庫第一作者聯(lián)系：

mailto:/madhu@utmmg.med.uth.tmc.edu

PGI,疫霉屬基因預(yù)研究計(jì)劃的數(shù)據(jù)庫

http://www.ncgr.org/pgi/

2.真菌基因組

SGS,釀酒酵母基因組數(shù)據(jù)庫

http://genome-www.standford.edu/Saccharomyces/

ftp://genome-ftp.stanford.edu(/pub/yeast)

LISTA,LISTA-HOP和LISTA-HON是釀酒酵母基因組中蛋白質(zhì)編碼序列及其同源性的數(shù)據(jù)庫

http://www.ch.embnet.org/

ftp://bioftp.unibas.ch/

MYGD,酵母基因組、蛋白質(zhì)和同源關(guān)系的數(shù)據(jù)庫

http://www.mips.biochem.mpg.de/proj/yeast/

YIDB,酵母內(nèi)含子數(shù)據(jù)庫

http://www.EMBL-Heidelberg.DE/ExternalInfo/seraphin/yidb.html

MNCDB,由德國MIPS所維護(hù)的粗糙鏈孢霉基因組數(shù)據(jù)庫

http://www.mips.biochem.mpg.de/desc/neurospora/

真菌基因組資源的網(wǎng)址：

http://fungus.genetics.uga.edu:5080/main.html

FGSC,真菌遺傳學(xué)信息中心

http://www.fgsc.net/

3.原生生物和線蟲基因組

歐洲生物信息研究所EBI的原生生物網(wǎng)頁：

http://www.ebi.ac.uk/Projects/Protozoa/

AceDB,線蟲綜合數(shù)據(jù)庫

ftp://sanger.ac.uk(/pub/acedb)

ftp://ncbi.nlm.nih.gov(repository/acedb)

ftp://lirmm.lirmm.fr(/pub/acedb)

關(guān)于線蟲發(fā)育特別是化學(xué)感覺神經(jīng)的研究

http://devbio-mac1.ucsf.edu/

4.昆蟲基因組

斯坦福大學(xué)的果蠅基因組中心

http://www.fruitfly.org/

FlyBase,果蠅基因和分子數(shù)據(jù)庫

http://flybase.bio.indiana.edu/

ftp://flybase.bio.indiana.edu/

FlyNets,果蠅分子和遺傳相互作用數(shù)據(jù)庫

http://gifts.univ-mrs.fr/FlyNets/

GIF-DB,果蠅胚胎發(fā)育過程中基因相互作用的WWW數(shù)據(jù)庫

http://www-biol.univ-mrs.fr/~lgpd/GIFTS_home_page.html

哈佛大學(xué)的果蠅網(wǎng)頁

http://morgan.harvard.edu/

MsqDB,蚊子基因數(shù)據(jù)庫

http://klab.agsci.colostate.edu/acedb/MsqDB-acedb.html

ftp://klab.agsci.colostate.edu/

5.魚類數(shù)據(jù)庫

美國國家衛(wèi)生署1997年建立的斑馬魚網(wǎng)頁

http://www.nih.gov/science/models/zebrafish/

ZFIN,斑馬魚基因組、發(fā)育突變和野生種系數(shù)據(jù)庫

http://zfish.uoregon.edu/ZFIN/

Fugu是河豚的數(shù)據(jù)庫

http://fugu.hgmp.mrc.ac.uk/

6.嚙齒動(dòng)物基因組

下面是有關(guān)家鼠的數(shù)據(jù)庫

M.Musculus基因組庫

ftp://ncbi.nlm.mih.gov(/genbank/genomes/M_muslulus)

MGD,家鼠基因組庫，現(xiàn)在又稱MGI即家鼠基因組信息庫

http://www.informatics.jax.org/mgd.html

ftp://ftp.informatics.jax.org/

Cre轉(zhuǎn)基因家鼠系的數(shù)據(jù)庫

http://www.chinainfo.gov.cn/periodical/yc/yc9903/990314html

RatMap,大鼠基因圖譜數(shù)據(jù)庫

http://ratmap.gen.gu.se/

7.細(xì)胞器數(shù)據(jù)庫

主要是線粒體和葉綠體基因的數(shù)據(jù)

MitoNuc和MitoAln是關(guān)于編碼線粒體蛋白的細(xì)胞核基因的兩個(gè)相互關(guān)聯(lián)的數(shù)據(jù)庫

http://bio-www.ba.cnr.it:8000/srs6/

GOBASE,細(xì)胞器基因組數(shù)據(jù)庫

http://megasun.bch.umontreal.ca/gobase/

MitBASE,線粒體DNA數(shù)據(jù)庫，集成所有已知線粒體基因信息

http://www3.ebi.ac.uk/Research/Mitbase/mitbase.pl/

人類線粒體數(shù)據(jù)庫

http://bio-www.ba.cnr.it8000/Tutorials/MitBASE/

MitBASE Pilot,酵母線粒體中核基因數(shù)據(jù)庫

http://www3.ebi.ac.uk/Research/Mitbase/mitbase.pl/

植物和藻類線粒體數(shù)據(jù)庫

http://tomic.ebi.ac.uk:8889/mitb... .pla_show_qry_opts/

原生生物線粒體數(shù)據(jù)庫

http://bio-www.ba.cnr.it:8000/Tu... /protist_table.html

脊椎動(dòng)物線粒體數(shù)據(jù)庫

http://bio-www.ba.cnr.it:8000/Tutorials/MitBASE/vertebrate.html

8.擬南芥基因組

MATDB,國際擬南芥基因組計(jì)劃的數(shù)據(jù)匯總

http://www.mips.biochem.mrg.de/desc/thal/

AtDB,擬南芥基因組數(shù)據(jù)庫

http://genome-www.stanford.edu/Arabidopsis/

ftp://genome-ftp.stanford.edu(/pub/arabidopsis)

DatA,擬南芥基因組注釋庫

http://luggagefast.Stanford.edu/group/arabprotein/

TAIR,擬南芥信息資源

http://www.arabidopsis.org/

AGR,擬南芥基因組資源

http://synteny.nott.ac.uk/agr/agr.html

TIGR-AT，TIGR研究所的似南芥EST和基因序列數(shù)據(jù)庫

http://www.tigr.org/tdb/at/at.html

9.病毒數(shù)據(jù)庫

ICTVdB,病毒數(shù)據(jù)庫

http://life.anu.edu.au/viruses/ICTVdB/ictvdb.html

VIDEdB,病毒鑒定交換數(shù)據(jù)庫

http://biology.anu.edu.au/research-groups/MES/vide/

RDV,水稻矮縮病毒基因組數(shù)據(jù)庫

http://www.cbi.pku.edu.cn/rdv/

八．蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫

SWISS-PROT是對數(shù)據(jù)人工審讀很嚴(yán)格的庫

http://www.expasy.ch/sprot/

TrEMBL是從EMBL庫中的核酸序列翻譯出來的氨基酸序列，已經(jīng)完成了自動(dòng)注釋

http://www.ebi.ac.uk:5000/

PIR是蛋白質(zhì)信息資源的縮寫

http://www-nbrf.georgetown.edu/pir/

http://www.mips.biochem.mpg.de/proj/protseqdb/

GenBank是由GenBank中的DNA序列翻譯得到的蛋白質(zhì)序列，與TrEMBL相似、但沒有像后者那樣經(jīng)專家審讀

http://www.infobiogen.fr/srs/

PROSITE,由專家根據(jù)生物知識審編的SWISS-PROT蛋白質(zhì)序列中有生物意義的位點(diǎn)、模式和輪廓的數(shù)據(jù)庫

http://www.expasy.ch/prosite/

PrositeScan服務(wù)器，根據(jù)用戶填表提交的蛋白質(zhì)序列搜索PROSITE模式

http://www.isrec.isb-sib.ch/software/PSTSCAN_form.html

PSD,蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫，是PIR的主體

http://pir.georgetown.edu/pirwww/dbinfo/texpsd.html

PATCHX,PIR的子庫之一，收入尚未納入PIR庫的蛋白質(zhì)序列

http://pir.georgetown.edu/pirwww/dbinfo/patchx.html

ARCHIVE,PIR的子庫之一，保存PIR庫中條目的原始文獻(xiàn)或最初提交的序列

http://pir.georgetown.edu/pirwww/dbinfo/achive.html

ProClass,蛋白質(zhì)類數(shù)據(jù)庫，是根據(jù)PROSITE庫和PIR庫中超家族的關(guān)系組織起來的非冗余蛋白質(zhì)庫

http://pir.georgetown.edu/gsfserver/prolclass.html

http://diana.uthct.edu/proclass.html

PIR-ASDB,PIR的注釋和相似性數(shù)據(jù)庫

http://www-nbrf.georgetown.edu/por/

KIND,瑞典斯德哥爾摩生物信息中心維護(hù)的非冗余蛋白質(zhì)序列庫

ftp://ftp.mbb.ki.se(/pub/KIND)

ENZYME,基于命名系統(tǒng)的酶數(shù)據(jù)庫

http://www.expasy.ch/enzyme/

BRENDA,這是一個(gè)內(nèi)容廣泛的酶的信息庫

http://www.brenda.uni-koeln.de/

OWL,蛋白質(zhì)序列庫，是由SWISS-PROT，PIR，GenBank翻譯序列和PDB等數(shù)據(jù)庫產(chǎn)生的非冗余的蛋白質(zhì)序列庫

http://bmbsgi11.leeds.ac.uk/bmb5dp/owl.html

GeneCards,由以色列魏茨曼科學(xué)研究所維護(hù)的關(guān)于基因及其產(chǎn)物，以及它們的生物醫(yī)學(xué)應(yīng)用的文獻(xiàn)庫

http://bioinfo.weizmann.ac.il/cards

SWISS-2DPAGE,由二維聚丙烯酰胺凝膠電泳所確定的蛋白質(zhì)的參考圖譜數(shù)據(jù)庫，包括文本和圖象信息，通向其他2D-PAGE數(shù)據(jù)庫的鏈接等

http://www.expasy.ch/ch2d/

HDB,組蛋白數(shù)據(jù)庫，包括聯(lián)配好的組蛋白序列以及已確認(rèn)包含有組蛋白折疊模體的非蛋白序列，以及所有已知組蛋白和組蛋白質(zhì)折疊的結(jié)構(gòu)，同時(shí)指出不同數(shù)據(jù)庫中類似序列的差異

http://genome.nhgri.nih.gov/histones/

HOBACGEN數(shù)據(jù)庫，包含按家族組織的所有細(xì)菌的蛋白質(zhì)序列，有助于從各種細(xì)菌選取同源家族，作多序列聯(lián)配和構(gòu)建親緣樹

http://www.mips.biochem.mpg.de/proj/medgen/mitop/

MITOP,線粒體蛋白質(zhì)組數(shù)據(jù)庫，包括線粒體有關(guān)的基因、蛋白質(zhì)和疾病信息

http://www3.ebi.ac.uk/Research/Mitbase/mitbase.pl/

MITOMAP,人類線粒體基因組數(shù)據(jù)庫

http://www.gen.emory.edu/mitomap.html

REBASE,限制性內(nèi)切酶和甲基化酶數(shù)據(jù)庫

http://www.neb.com/rebase

ProtoMap,蛋白質(zhì)分類數(shù)據(jù)庫

http://www.protomap.cs.huji.ac.il/

ISSD蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫

http://www.protein.bio.msu.su/issd/

PRF,日本蛋白質(zhì)研究基金會(huì)維護(hù)著三個(gè)蛋白質(zhì)和多肽數(shù)據(jù)庫：PRF/LITDB文獻(xiàn)庫、PRF/SEQDB序列庫及PRF/SYNDB合成產(chǎn)物庫

http://prfsun2.prf.or.jp/

MEROPS,肽酶數(shù)據(jù)庫

http://www.bi.bbsrc.ac.uk/Merops/Merops.html

PKR,蛋白激酶信息庫

http://www.sdsc.edu/Kinases/pkr/pkk_catalytic/pk_cat_list.html

Wnt基因網(wǎng)頁

http://vonbaer.ana.ed.ac.uk/rnusse/wntwindow.html

PhosphoBase,磷酸化位點(diǎn)數(shù)據(jù)庫

http://www.cbs.dtu.dk/databases/PhosphoBase/

SYSTERS,蛋白質(zhì)集團(tuán)數(shù)據(jù)庫

http://www.dkfz-heidelberg.de/tbi/services/cluster/

DIP蛋白質(zhì)相互作用數(shù)據(jù)庫

http://URLdip.doe-mbi.ucla.edu/

DexH/D數(shù)據(jù)庫

http://www.columbia.edu/~ej67/dbhome.htm

Homeodomain,同源異形結(jié)構(gòu)域數(shù)據(jù)庫

http://genome.nhgri.gov/homeodomain/

InBase,新英格蘭生物實(shí)驗(yàn)公司的蛋白質(zhì)剪接數(shù)據(jù)庫

http://www.neb.com/neb/inteins.html

LGICdb,配體門控離子通道數(shù)據(jù)庫

http://www.pasteur.fr/recherche/banques/LGIC/LGIC.html

SENTRA,信號傳遞蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫

http://wit.mcs.anl.gov/WIT2/Sentra/

ICN,離子通道網(wǎng)絡(luò)，是由美國神經(jīng)科學(xué)數(shù)據(jù)庫中心等單位聯(lián)合建立的一個(gè)內(nèi)容豐富的網(wǎng)頁

http://pain.med.umn.edu/csn/

Aaindex,氨基酸索引數(shù)據(jù)庫

http://www.genome.ad.jp/aaindex/

九、蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)和分類數(shù)據(jù)庫

PDB,蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫

http://www.rcsb.org/pdb/

RCSB,結(jié)構(gòu)生物信息學(xué)信息學(xué)合作研究組織

http://www.rcsb.org/

PDBNEW,下一版PDB庫正式發(fā)布前收到的全新或更新條目

http://www.pdb.bnl.gov/

PDBFinder,在PDB、DSSP、HSSP、基礎(chǔ)上建立的二級庫，包含PDB序列、作者、R因子、分辨率、二級結(jié)構(gòu)等

http://www.sander.embl-heidelberg.de/pdbfinder/

ftp://swift/embl-heidelberg.de(/pdbfinder)

PDB at a Glance清單

http://cmm.info.nih.gov/modeling/pdb_at_a_glance.html

PDBselect數(shù)據(jù)庫

http://swift.embl-heidelberg.de/pdbsel/

PDBsum是PDB庫中數(shù)據(jù)的更便于閱讀的總結(jié)和分析，以及一些衍生數(shù)據(jù)

http://www.biochem.ucl.ac.uk/bsm/pdbsum/index.html

BioMagResBank簡稱BMRB，是關(guān)于多肽、蛋白質(zhì)和核酸的核磁共振數(shù)據(jù)庫

http://www.bmrb.wisc.edu/

CSD,劍橋結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫

http://www.ccdc.cam.ac.uk/prods/csd.html

NRL-3D,三維結(jié)構(gòu)已經(jīng)確定的蛋白質(zhì)序列庫

http://www.gdb.org/Dan/proteins/nr13d.html

FAMBASE,,是每個(gè)蛋白質(zhì)家族的代表序列的集合，它有助于加速同源性搜索

http://pir.georgetown.edu/pirwww/dbinfo/fambase.html

ProtFam,蛋白質(zhì)超家族的序列聯(lián)配數(shù)據(jù)庫

http://www.mips.biochem.mpg.de/proj/protfam/protfam/

SCOP,蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)分類數(shù)據(jù)庫

http://www.ipc.pku.edu.cn/scop/

CATH,蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)與功能關(guān)系分類數(shù)據(jù)庫

http://www.biochem.ucl.ac.uk/bsm/cath/

PIR-ALN,蛋白質(zhì)序列聯(lián)配數(shù)據(jù)庫

http://www-nbrf.georgetown.edu/pir/alndb.html

3Dee,蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)域定義的數(shù)據(jù)庫

http://circinus.ebi.ac.uk:8080/3Dee/

ProTherm,蛋白質(zhì)及其變異體熱力學(xué)數(shù)據(jù)庫

http://www.rtc.riken.go.jp/protherm.html

ASTRAL是基于SCOP數(shù)據(jù)庫的一組分析蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)和蛋白質(zhì)序列的數(shù)據(jù)庫和工具

http://astral.stanford.edu/

RESID,蛋白質(zhì)翻譯后修飾情況的數(shù)據(jù)庫

http://pir.georgetown.edu/pirwww/search/textresid.html

SMART是簡單模塊構(gòu)架搜索工具的縮寫

http://SMART.embl-heidelberg.de/

PROMISE數(shù)據(jù)庫

http://bmbsgi11.leeds.ac.uk/bmbknd/promise/MAIN.html

MMDB蛋白質(zhì)分子模型數(shù)據(jù)庫

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/

VAST矢量聯(lián)配搜索工具

http://swift.embl-heidelberg.de/dssp/

DSSP,PDB庫中所有蛋白質(zhì)條目的二級結(jié)構(gòu)歸屬數(shù)據(jù)庫

http://swift.embl-heidelberg.de/dssp/

HSSP,按同源性導(dǎo)出的蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫

http://www.sander.embl-heidelberg.de/hssp/

Dali/FSSP,基于PDB數(shù)據(jù)庫中現(xiàn)有蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)，用自動(dòng)結(jié)構(gòu)對比程序Dali逐一比較而形成的折疊單元和家族分類庫

http://www.embl-ebi.ac.ul/dali/

http://croma.ebi.ac.uk/dali/fssp/

3d_ali數(shù)據(jù)庫，搜集彼此相關(guān)的蛋白質(zhì)序列和結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)

http://www.embl-heidelberg.de/argos/ali/ali.html

DEF蛋白質(zhì)折疊類的預(yù)測數(shù)據(jù)庫

http://zeus.cs.uoi.gr/neural/biocomputing/def.html

INFOGENE,Sanger中心計(jì)算基因組學(xué)小組維護(hù)的、各基因組測序計(jì)劃所提供的序列中已知的蛋白質(zhì)和預(yù)測出的基因與蛋白質(zhì)的數(shù)據(jù)庫

http://genomic.sanger.ac.uk/inf/infodb.html

TMBase,跨膜蛋白數(shù)據(jù)庫

ftp://ulrec3.unil.ch(/pub/tmbase)

PRESAGE是關(guān)于結(jié)構(gòu)基因組學(xué)的一個(gè)數(shù)據(jù)庫，它為庫中每個(gè)蛋白質(zhì)搜集了反映當(dāng)前實(shí)驗(yàn)狀況、結(jié)構(gòu)、模型和研究建議的注釋

http://presage.stanford.edu/

SBASE,帶有注釋的蛋白質(zhì)序列片、即蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)域的數(shù)據(jù)庫，由ICGEB建立和維護(hù)

http://www.icgeb.trieste.it/sbase/

InterPro,集成的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)域和功能位點(diǎn)數(shù)據(jù)庫

http://www.ebi.ac.uk/interpro/

HITS,瑞士新近建立的一個(gè)蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)域數(shù)據(jù)庫

http://www.isrec.isb-sib.ch/cgi-bin/hits/hits_index

BLOCKS,蛋白質(zhì)分類與同源性數(shù)據(jù)庫，包含蛋白質(zhì)家族中保守區(qū)域的組塊多序列聯(lián)配的數(shù)據(jù)

http://www.blocks.fhcrc.org/

BLOCKS+數(shù)據(jù)庫

http://www.blocks.fhcrc.org/

PFAM高質(zhì)量的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)域家族數(shù)據(jù)庫

http://www.sanger.ac.uk/Sorfware/Wise2/

PRINTS數(shù)據(jù)庫最近改名為PRINTS-S，這是一個(gè)蛋白質(zhì)家族的指紋和模體數(shù)據(jù)庫

http://www.bioinfo.man.ac.uk/dbbrowser/PRINTS/

ProDom自動(dòng)產(chǎn)生的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)域家族數(shù)據(jù)庫

http://www.toulouse.inra.fr/prodom.html

DOMO,蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)域數(shù)據(jù)庫

http://www.infobiogen.fr/services/domo/

GRBase,這是參與基因調(diào)控的蛋白質(zhì)的數(shù)據(jù)庫

http://www.access.digex.net/~regulate/

PMD,蛋白質(zhì)突變體數(shù)據(jù)庫

http://pmd.ddbj.nig.ac.jp/

GLYCBASE,蛋白質(zhì)糖基化位點(diǎn)數(shù)據(jù)庫

http://www.cbs.dtu.dk/databases/OGLYCBASE/

ORDB嗅覺受體蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫

http://ycmi.med.yale.edu/senselab/ordb/

CarbBank亦稱CCSD，復(fù)雜碳水化合物結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫，通常與蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫歸在一起

http://www.ccrc.uga.edu/

SWISS-3DIMAGE,蛋白質(zhì)三維圖象和PDB瀏覽器

http://www.expasy.ch/sw3d/

IMB,大分子三維圖象庫

http://www.imb-jena.de/IMAGE.html

BioImage,多維生物學(xué)數(shù)據(jù)庫

http://www-embl.bioimage.org/

MolMovDB,耶魯大學(xué)的生物信息學(xué)研究室維護(hù)的分子運(yùn)動(dòng)數(shù)據(jù)庫

http://bioinfo.mbb.yale.edu/MolMovDB/

ModBase,蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)模型比較數(shù)據(jù)庫

http://pipe.ruckefeller.edu/modbase/

十．比較基因組學(xué)和蛋白質(zhì)組學(xué)數(shù)據(jù)庫

COG直系同源聚類數(shù)據(jù)庫

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/COG/

GeneCensus,耶魯大學(xué)生物信息學(xué)研究室維護(hù)的各物種基因組的比較數(shù)據(jù)庫，著重于折疊單元的結(jié)構(gòu)對比

http://ncbi.nlm.nih.gov/XREFdb/

XREFdb,哺乳動(dòng)物和模式生物的基因和遺傳學(xué)交叉引用數(shù)據(jù)庫

http://www.proteome.com/YPDhome.html

YPD,釀酒酵母蛋白質(zhì)組數(shù)據(jù)庫

http://www.proteome.com/YPDhome.html

WormPD,線蟲蛋白質(zhì)組學(xué)數(shù)據(jù)庫

http://www.proteome.com/YPDhome.html

十一．基因表達(dá)數(shù)據(jù)庫

Flyview,果蠅基因表達(dá)數(shù)據(jù)庫

http://flyview.uni-muenster.de/

Flybrain,果蠅神經(jīng)系統(tǒng)圖譜和數(shù)據(jù)庫

http://flybrain.uni-freiburg.de/

NEXTDB,線蟲基因表達(dá)模式數(shù)據(jù)庫

http://watsom.genes.nig.ac.jp:8080/db/

MAGEST數(shù)據(jù)庫，其名字來自Maboya Gene Expression patters and Sequence Tags 短語的縮寫

http://star.scl.kyoto-u.ac.jp/magest/

BodyMap,人類和家鼠基因表達(dá)數(shù)據(jù)庫

http://bodymap.ims.u-tokyo.ac.jp/

Axeldb,非洲爪蟾基因表達(dá)數(shù)據(jù)庫

http://www.dkfz-heidelberg.de/abt0135/axeldb.html

XMMR,非洲爪分子標(biāo)記資源

http://vize222.zo.utexas.edu/

TRIPLES,酵母基因功能數(shù)據(jù)庫，設(shè)在耶魯大學(xué)醫(yī)學(xué)院的基因組分析中心

http://ygac.med.yale.edu/triples/

MGEIR,集成的家鼠基因表達(dá)信息資源

http://genex.hgu.mrc.ac.uk/

GXD,家鼠基因表達(dá)數(shù)據(jù)庫

http://www.informatics.jax.org/searches/gxdindex_form.html

EpoDB,脊椎動(dòng)物紅細(xì)胞生成基因表達(dá)分析數(shù)據(jù)庫

http://cbil.humgen.upenn.edu/epodb/

KidneyDB,腎臟發(fā)育數(shù)據(jù)庫

http://www.ana.ed.ac.uk/anatomy/kidbase/kidhome.html

ToothExp,牙齒基因表達(dá)數(shù)據(jù)庫

http://honeybee.helsinki.fi/toothexp/toothexp.html

十二.基因突變、病理和免疫數(shù)據(jù)庫

HGMD人類基因突變數(shù)據(jù)庫，可用于預(yù)測基因疾病

http://uwcm.web.cf.ac.uk/uwcm/mg/hgmd0.html

Marfan人類FBN1基因突變數(shù)據(jù)庫及分析軟件

http://uwcm.web.cf.ac.uk/uwcm/mg/hgmd0.html

Collagen人類膠原數(shù)據(jù)庫

http://www.le.ac.uk//genetics/collagen/

人類PAX2等位基因變異數(shù)據(jù)庫

http://www.hgu.mrc.ac.uk/Softdata/PAX2/

人類PAX6等位基因突變數(shù)據(jù)庫

http://www.hgu.mrc.ac.uk/Softdata.PAX6/

Androgen雄激素受體突變數(shù)據(jù)庫，包含與男性性器官發(fā)育不良、前列腺癌等有關(guān)圖譜，密度、頻度以及基因型和表現(xiàn)型關(guān)聯(lián)數(shù)據(jù)

http://www.mcgill.ca/androgendb/

ALFRED為Allele FREquency Database 的縮寫這是由耶魯大學(xué)K.K.Kidd實(shí)驗(yàn)室維護(hù)的一個(gè)針對人口多樣性和DNA多態(tài)性的等位基因數(shù)據(jù)庫

http://alfred.med.yale.edu/alfred/

CD40LBASE,CD40L基因突變數(shù)據(jù)庫

http://www.expasy.ch/cd40lbase/

KMDB由日本慶應(yīng)義塾大學(xué)醫(yī)學(xué)院建立的一組與人類疾病有關(guān)的基因突變數(shù)據(jù)庫

http://mutview.dmb.med.keio.ac.jp/

KMeyeDB人類疾病和眼病基因突變?nèi)祟愋呐K病基因突變數(shù)據(jù)庫

http://mutview.dmb.med.keio.ac.jp/mutview3/kmeyedb/

KMearDB人類耳病基因突變數(shù)據(jù)庫

http://mutview.dmb.med.keio.ac.jp/

KMbrainDB人類腦病基因突變數(shù)據(jù)庫

http://mutview.dmb.med.keio.ac.jp/

KMcancerDB人類癌癥基因突變數(shù)據(jù)庫

http://mutview.dmb.med.keio.ac.jp/

OMIA是一大批動(dòng)物的孟德爾遺傳、疾病、基因型和表現(xiàn)型的數(shù)據(jù)庫

http://wwwlangis.su.oz.au/BIRX/omia/omia_form.html

Atlas法國建立的針對腫瘤學(xué)和血液學(xué)的遺傳與細(xì)胞遺傳交互數(shù)據(jù)庫

http://www.infobiogen.fr/services/chromcancer/

HAMSTeRS凝血因子VIII結(jié)構(gòu)和突變位點(diǎn)數(shù)據(jù)庫

http://europium.mrc.rpms.ac.uk/

HaemB,B型血友病凝血因子IX點(diǎn)突變和短插入或刪除序列的數(shù)據(jù)庫

http://www.umsd.ac.uk/molgen/haemBdbatabase.html

TTMD轉(zhuǎn)基因動(dòng)物和靶突變數(shù)據(jù)庫

http://tbase.jax.org/

FIMM功能分子免疫學(xué)數(shù)據(jù)庫

http://sdmc.krdl.org.sg:8080/fimm/

MTB家鼠腫瘤生物學(xué)數(shù)據(jù)庫

http://tumor.informatics.jax.org/

BCGD人類乳腺癌基因數(shù)據(jù)庫

http://condor.bcm.tmc.edu/ermb/bcgd/bcgd.html

PAH是導(dǎo)致人類苯丙酮尿癥的苯丙氨酸羥化酶特異位點(diǎn)數(shù)據(jù)庫

http://www.mcgill.ca/pahdb/

CFTR,囊性纖維變跨膜調(diào)控子突變數(shù)據(jù)庫

http://genet.sickkids.on.ca/cftr/

NRR核受體資源計(jì)劃，包括糖類皮酯激素、礦質(zhì)腎上腺皮質(zhì)激素、甲狀腺激素、維生素D受體、類固醇受體等信息的數(shù)據(jù)庫

http://nrr.georgetown.edu/nrr/nrr.html

IMGT1989年建立的國際免疫遺傳學(xué)數(shù)據(jù)庫

http://imgt.cines.fr:8104/

HIG,Anthony Nolan 骨髓和白血病基金會(huì)的人類白細(xì)胞抗體HLA住處30年前由E.A.Kabat建立的具有免疫學(xué)意義的蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫

http://www.anthonynolan.com/HIG/

PEDB前列腺表達(dá)數(shù)據(jù)庫

http://www.mbt.washington.edu/PEDB/

HIV,艾滋病分子免疫學(xué)數(shù)據(jù)庫

http://hiv-web.lanl.gov/immunology/immuno-main.html

斯坦福大學(xué)的HIV RT數(shù)據(jù)庫，包含幾乎全部已發(fā)表的HIV ＲＴ和蛋白酶序列，是研究抗HIV藥物靶分子演化和與藥物有關(guān)變化的原始資料

http://hivdb.stanford.edu.hiv/

十三．代謝途徑和細(xì)胞調(diào)控?cái)?shù)據(jù)庫

WIT是What Is There的縮寫是美國阿貢國家實(shí)驗(yàn)室的一個(gè)集成的重構(gòu)代謝途徑和模型的系統(tǒng)

http://www.cme.msu.edu/WIT/

EMP是酶與代謝途徑的縮寫

http://biobase.com/emphome.html/

MPW代謝途徑數(shù)據(jù)庫，是EMP庫的一個(gè)子集

http://www.cme.msu.edu/MPW/

PUGA原是單細(xì)胞生物代謝途徑親緣聯(lián)配數(shù)據(jù)庫

http://www.msc.anl.gov/home/compbio/PUMA/

EcoCyc數(shù)據(jù)庫和MetaCyc數(shù)據(jù)庫

http://ecocyc.panbio.com/ecocyc/

PathDB,代謝途徑數(shù)據(jù)庫

http://www.ncgr.org/Software/pathdb/

KEGG,京都基因與基因組百科全書，它包含核酸分子、蛋白質(zhì)序列、基因表達(dá)、基因組圖譜、代謝途徑圖等

http://www.genome.ac.jp/kegg/

由Boehringer Mannheim公司提供的代謝途徑圖，懸掛在許多生化實(shí)驗(yàn)室的墻壁上

http://www.expasy.ch/cgi-bin/search-biochem-index/

SMILES是一個(gè)輔助性數(shù)據(jù)庫，它搜集與代謝途徑有關(guān)的化合物名稱

http://www.daylight.com/dayhtml/smiles/

LIGAND,酶反應(yīng)化學(xué)數(shù)據(jù)庫，由日本京都大學(xué)化學(xué)研究所維護(hù)

http://www.genome.ad.jp/htbin/show_man?ligand

CSNDB細(xì)胞中信號網(wǎng)絡(luò)的數(shù)據(jù)庫

http://geo.nihs.go.jp/csndb/

Biocatalysis/Biodegradation生物催化和生物降解數(shù)據(jù)庫

http://dragon.labmed.umn.edu/~lynda/index.html

十四．與農(nóng)林牧有關(guān)數(shù)據(jù)庫

美國農(nóng)業(yè)部國家農(nóng)業(yè)圖書館基因組信息系統(tǒng)，它本身的服務(wù)器基于AceDB

http://probe.nalusda.gov:8000/

ARS農(nóng)業(yè)研究服務(wù)處新設(shè)立在康奈爾大學(xué)的USDA-ARS生物信息學(xué)和比較基因組學(xué)中心，ARS是Agricultural Research Service的縮寫

http://ars-genome.cornell.edu/

AgDB農(nóng)業(yè)數(shù)據(jù)庫和信息資源總清單

http://www.agnic.org/agdb/

設(shè)在英國愛丁堡的Roslin研究所的生物信息組，發(fā)展了名為“方舟”的系統(tǒng)來搜集和比較各種動(dòng)物基因圖譜

http://www.ri.rrsrc.ac.uk/cgi-bi... swer.sh?species=pig

INRA法國國家農(nóng)業(yè)研究所

http://locus.joun.inra.fr/

美國得克薩斯AM大學(xué)是牛類基因圖譜數(shù)據(jù)庫的原始網(wǎng)址和綿羊、馬數(shù)據(jù)庫的鏡象點(diǎn)：

http://bos.cvm.tamu.edu/

美國衣阿華州立大學(xué)有豬和雞基因圖譜數(shù)據(jù)庫的鏡象點(diǎn)：

http://www.genome.iastats.edu/

1.農(nóng)作物

UK CropNet英國農(nóng)作物植物生物信息網(wǎng)絡(luò)

http://synteny.nott.ac.uk/

INE水稻基因數(shù)據(jù)庫

http://www.staff.or.jp/giot/INE.html

我國水稻基因組計(jì)劃針對水稻的秈稻亞種

http://www.ncgr.ac.cn/

美國TIGR研究所維護(hù)著幾個(gè)與水稻基因組有關(guān)的數(shù)據(jù)庫，包括基因組注釋庫、重復(fù)序列庫，以及基因索引

http://www.tigr.org/tdb/rice/

RiceGenes是美國康奈爾大學(xué)的水稻基因組數(shù)據(jù)庫

http://ars-genome.cornell.edu/ricd/

GrainGenes是美國農(nóng)業(yè)部和國家農(nóng)業(yè)圖書館的植物基因組計(jì)劃支持的麥、燕麥和甘蔗遺傳數(shù)據(jù)庫

http://ars-genome.cornell.edu/rice/

關(guān)于世界范圍的水稻生產(chǎn)和市場等情況

http://www.riceweb.org/

WHEAT小麥基因圖譜數(shù)據(jù)庫

http://wheat.pw.usda.gov/

KOMUGI日本小麥網(wǎng)，是由不得６所大學(xué)和研究所聯(lián)合維護(hù)

http://www.shigen.nig.ac.jp/wheat/top.html

MaizeDB玉米基因組數(shù)據(jù)庫

http://www.agron.misouri.edu/top.html

ZmDB玉米基因組數(shù)據(jù)庫

http://zmdb.iasstate.edu/

ILDIS國際豆科植物數(shù)據(jù)庫和信息服務(wù)

http://www.ildis.org/LegumeWeb/

豆類基因圖譜：

http://scaffold.biologie.uni-kl.de/Beanrdf/

MGI,NCGR和Samuel Roberts Noble基金會(huì)聯(lián)合開展的豆科苜蓿屬植物Medicago truncatula的基因組研究，在2000年４月已經(jīng)提交15000多條EST

http://www.ncgr.org/research/mgi/

cottonDB美國南方平原農(nóng)業(yè)研究中心所維護(hù)的棉花數(shù)據(jù)庫

http://algodon.tamu.edu/

TreeGenes樹木遺傳圖譜數(shù)據(jù)庫

http://probe.nalusda.gov:8000/plant/abouttreegenes.html

2.家畜、家禽和魚類

ChickGBASE雞基因圖譜計(jì)劃，搜集全世界雞基因圖譜信息

http://www.ri.bbsrc.ac.uk/chickmap/chickgbase/manager.html

Swimemap豬基因圖譜計(jì)劃，飲食店染色體圖譜和標(biāo)記

http://sol.marc.usda.gov/genome/swine/swine.html

PiGBASE,豬基因圖譜信息庫

http://www.ri.bbsrc.ac.uk/pigmap/arkpig/

SheepBase已發(fā)表的綿羊基因位點(diǎn)數(shù)據(jù)庫

http://dirk.invermay.cri.nz/

Goatmap,山羊基因圖譜數(shù)據(jù)庫

http://locus.jouy.inra.fr/

HorseMap馬基因圖譜數(shù)據(jù)庫

http://locus.jouy.inra.fr/

Bovmap法國的牛基因圖譜數(shù)據(jù)庫

http://locus.jouy.inra.fr/cgi-bin/bovmap/intro.pl

BovBase英國的?；驁D譜數(shù)據(jù)庫

http://www.ri.bbsrc.ac.uk/bovmap/arkbov/

BovGBASE美國農(nóng)業(yè)部的家畜基因組圖譜計(jì)劃中的牛基因數(shù)據(jù)庫

http://probe.nalusda.gov:8000/animal/aboutbovgbase.html

Buffmap水?；驁D譜數(shù)據(jù)庫。

http://locus.jouy.inra.fr/

DogMap狗基因圖譜數(shù)據(jù)庫。

http://ubeclu.unibe.ch/itz/dogmap.html

CatMap貓基因圖譜數(shù)據(jù)庫。

http://www.ri.bbsrc.ac.uk/catmap/ark/

RabbitMap兔基因圖譜數(shù)據(jù)庫。

http://locus.jouy.inra.fr/

RainMap彩虹鱒魚基因圖譜數(shù)據(jù)庫。

http://locus.jouy.inra.fr/

另一個(gè)鱒魚科基因數(shù)據(jù)庫在美國華盛頓州立大學(xué)：

http://www.wsu.edu:8000/~thorglab/DATA.html

十五．生物醫(yī)學(xué)文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫

MEDLINE是美國國家醫(yī)學(xué)圖書館的文獻(xiàn)摘要庫，反映美國及其他國家3800多種醫(yī)學(xué)和生物期刊的作者摘要和引用情況。

http://www.nlm.nih.gov/dtabases/medline.html

最為方便的查詢MEDLINE的方式，是通過NCBI的PubMed服務(wù)：

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/PubMed/

SeqAnalRef這是由A.Bairoch個(gè)人維護(hù)的有關(guān)序列分析的文獻(xiàn)目錄。

http://www.espasy.ch/seqanalref/

SCI是設(shè)在美國費(fèi)城的科學(xué)信息研究所所提供的文獻(xiàn)引用情況的檢索服務(wù)。

http://webofscience.com/

CancerWeb癌癥網(wǎng)頁：

http://www.graylab.ac.uk/cancerweb.html

HUMAT人體解剖學(xué)數(shù)據(jù)庫。

http://ed.ac.uk/anatomy/database/humat/

KeyNet按生物序列功能組織的基因和蛋白質(zhì)名稱關(guān)鍵字庫。

http://www.ba.cnr.it/keynet.html/

BioABACUS生物學(xué)與生物技術(shù)以及計(jì)算機(jī)科學(xué)縮寫字表。

http://www.nmsu.edu/~molbio/bioABACUShome.html

十六．其他數(shù)據(jù)庫

Taxonomy分類學(xué)數(shù)據(jù)庫。

http://www3.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/tax.html

ETI世界生物多樣性數(shù)據(jù)庫設(shè)在荷蘭的分類鑒定專家中心。

http://www.eti.uva.nl/

位于美國麻省的Woods Hole海洋生物研究室有一個(gè)海洋動(dòng)物數(shù)據(jù)庫。

http://www.mbl.edu/

TAED適應(yīng)性演化數(shù)據(jù)庫。

http://www.sbc.su.se/~liberles/TAED.html